Jednym z największych osiągnięć w leczeniu zakażeń HIV jest leczenie u kobiet w ciąży. Przed rozpoczęciem leczenia przeciwwirusowego, ryzyko przeniesienia wirusa HIV z zakażonej matki na noworodka wynosi ok. 25% -35%. Pierwszy duży postęp w tej dziedzinie razem z wynikami badania podają ZDV po pierwszym trymestrze ciąży, a następnie dożylnie w trakcie kontrolnych badań, a następnie po dostarczeniu do noworodka do sześciu tygodni. Badanie tego zabiegu wykazały zmniejszenie ryzyka przeniesienia się na mniej niż 10%. Mimo, że mniej jest danych z silniejszymi kombinacji leków, doświadczenia kliniczne wskazują, że ryzyko przeniesienia może być mniejsza niż 5%. Obecne zalecenia są doradzanie zakażonym kobietom ciężarnym, dotyczące zarówno znanych skutków ubocznych leczenia przeciwwirusowego na płód i obiecujących wyników badań klinicznych z silnym lekiem wykorzystanym w terapii w zapobieganiu przenoszenia. W ostatecznym rozrachunku jednak, kobiety w ciąży z HIV powinny być traktowane w zasadzie tak samo jak reszta kobiet z HIV.

Wyjątkiem jest pierwszy trymestr, gdy leczenie jest kontrowersyjne, i unikanie niektórych leków, które mogą spowodować większe zagrożenie dla płodu poprzez podniesienie toksyczności, do takich lekarstw należa te z grupy EFV.
Wszystkie zakażone HIV kobieyt w ciąży powinny być prowadzone przez ginekologa z doświadczeniem w kontaktach z kobietami zakażonymi HIV. Taka sytuacja wymaga zachowania maksymalnych środków ostrożności, aby zminimalizować ryzyko przeniesienia wirusa HIV. Ponadto, ryzyko wiąże się z możliwością wykonania planowanego cesarskiego cięcia (C-punkt) wówczas wszystkie szczegóły powinny być przedyskutowane, szczególnie u tych kobiet gdzie nie ma pęłnej kontroli nad zakażeniem HIV, również w takich sytuacjach gdzie ryzyko przeniesienia może zostać zwiększone. Należy unikać karmienia piersią, ponieważ jest to jedna z możliwych dróg przeniesienia się zakażenia.